2013年4月，时任韩国总统朴槿惠上任仅1个多月，检方对国情院干涉选举案展开调查，尹锡悦担任该案特别检察组组长，对时任国情院院长展开调查，过程中因违反程序坚持拘留国情院职员而遭到降职处分。